Bộ trưởng Ngoại giao Hoa Kỳ: Viên chức hành chính trưởng của Bộ Ngoại giao, thành viên của Nội các Hoa Kỳ, báo cáo trực tiếp đến Tổng thống Hoa Kỳ. Bộ trưởng Ngoại giao tổ chức và trông coi toàn bộ Bộ Ngoại giao và nhân viên:

• Phó Bộ trưởng Ngoại giao Hoa Kỳ: cùng với Chánh văn phòng, Thư ký Hành chính và Thứ trưởng Ngoại giao đặc trách Quản lý hỗ trợ Bộ trưởng điều hành tổng thể. Dưới Phó Bộ trưởng là sáu Thứ trưởng và cố vấn cùng với các nhân viên khác:
  • Chánh văn phòng (Chief of Staff)
  • Thư ký Hành chính (Executive Secretariat)
  • Văn phòng của Điều hợp viên đặc trách chống Khủng bố (Office of the Coordinator for Counterterrorism) - văn phòng này soạn báo cáo về chủ nghĩa khủng bố.
  • Văn phòng Điều hợp viên đặc trách Tái kiến thiết và Bình ổn (Office of the Coordinator for Reconstruction and Stabilization)
  • Trung tâm Huấn luyện Ngoại giao Quốc gia (National Foreign Affairs Training Center) - có Học viện Đối ngoại
  • Cục đặc trách Các chương trình Thông tin Quốc tế (Bureau of International Information Programs)
  • Văn phòng Cố vấn Pháp lý Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ (United States Department of State Office of the Legal Adviser)
  • Văn phòng Chính sách Quản lý (Office of Management Policy)
  • Trưởng Lễ tân Hoa Kỳ (Chief of Protocol of the United States)
  • Văn phòng Cố vấn Kỹ thuật và Khoa học (Office of the Science and Technology Adviser)
  • Văn phòng đặc trách Các vấn đề Tội phạm Chiến tranh (Office of War Crimes Issues)
  • Văn phòng Tình báo và Nghiên cứu (INR)
  • Cục đặc trách Lập pháp vụ (Bureau of Legislative Affairs)
  • Cục Quản lý Tài nguyên (Bureau of Resource Management)
• Thứ trưởng Ngoại giao đặc trách Chính trị vụ (Under Secretary of State for Political Affairs): Viên chức xếp thứ ba của bộ. Sẽ trở thành quyền bộ trưởng nếu Bộ trưởng và Phó Bộ trưởng vắng mặt. Chức vụ này có trách nhiệm đối với các văn phòng đặc trách việc điều hành ngoại giao của Mỹ trên toàn thế giới:
  • Cục Phi châu vụ (Bureau of African Affairs)
  • Cục Đông Á và Thái Bình Dương vụ (Bureau of East Asian and Pacific Affairs)
  • Cục Âu châu và Âu - Á vụ (Bureau of European and Eurasian Affairs)
  • Cục đặc trách Chất gây nghiện quốc tế và Thi hành pháp luật (Bureau for International Narcotics and Law Enforcement Affairs)
  • Cục Tổ chức Quốc tế vụ (Bureau of International Organization Affairs)
  • Cục Cận Đông vụ (Bureau of Near Eastern Affairs)
  • Cục Nam và Trung Á vụ (Bureau of South and Central Asian Affairs)
  • Cục Tây Bán cầu vụ (Bureau of Western Hemisphere Affairs)
• Thứ trưởng Ngoại giao đặc trách Quản lý (Under Secretary of State for Management)[2]: Cố vấn chính của Bộ trưởng và Phó Bộ trưởng Ngoại giao về các vấn đề liên quan đến nhân sự và sử dụng ngân quỹ, cơ sở vật chất. Chức vụ này có trách nhiệm đối với các văn phòng đặc trách về lên kế hoạch hành chính hàng ngày của bộ và đề nghị cải tổ hay hiện đại hóa các ban ngành:
  • Cục Quản trị
  • Cục Lãnh sự vụ
  • Cục An ninh ngoại giao
  • Cục Nguồn nhân lực
  • Cục Quản lý Tài nguyên thông tin
  • Văn phòng Điều hành xây dựng hải ngoại
  • Giám đốc Phòng Lễ tân ngoại giao
  • Viện Dịch vụ ngoại giao
  • Văn phòng Chính sách quản lý, chuyển đổi, và sáng kiến
  • Văn phòng Dịch vụ y tế
  • Văn phòng Liên lạc Nhà Trắng
• Thứ trưởng Ngoại giao đặc trách Phát triển Kinh tế, Năng lượng và Môi trường (Under Secretary of State for Economic Growth, Energy, and the Environment): Cố vấn cấp cao về kinh tế cho Bộ trưởng và Phó Bộ trưởng về chính sách kinh tế quốc tế. Chức vụ này có trách nhiệm đối với các văn phòng đặc trách về giao thương, năng lượng, môi trường và quan hệ thương mại song phương với các đối tác kinh tế của Mỹ:
• Thứ trưởng Ngoại giao đặc trách Công chúng ngoại giao và Công chúng vụ (Under Secretary of State for Public Diplomacy and Public Affairs): Thứ trưởng này lãnh đạo các chức năng mà trước đây được giao cho Cơ quan Thông tin Hoa Kỳ (United States Information Agency) nhưng hiện nay được sáp nhập vào Bộ Ngoại giao sau khi được tái tổ chức năm 1999. Chức vụ này điều hành các đơn vị trông coi việc liên lạc công chúng và tìm cách tô điểm hình ảnh của Hoa Kỳ khắp thế giới:
• Thứ trưởng Ngoại giao đặc trách Kiểm soát vũ khí và An ninh quốc tế (Under Secretary of State for Arms Control and International Security Affairs: Thứ trưởng này điều hợp vai trò của bộ trong việc viện trợ quân sự của Hoa Kỳ. Từ khi tái tổ chức năm 1996, thứ trưởng này cũng còn trông coi các chức năng của Cựu Cơ quan Giải trừ và Kiểm soát Vũ khí ([Arms Control and Disarmament Agency).
• Thứ trưởng Ngoại giao đặc trách Dân chủ và Quốc tế vụ (Under Secretary of State for Democracy and Global Affairs): Văn phòng Thứ trưởng đặc trách Quốc tế vụ (Office of Undersecretary of Global Affairs) được Chính phủ của Tổng thống Clinton thành lập để điều hành các nỗ lực ngoại giao về các vấn đề mới xảy ra trên thế giới, thí dụ như môi trường. Văn phòng này được đổi tên thành Dân chủ và Quốc tế vụ (Democracy and Global Affairs) năm 2005 để phản ánh trọng tâm ngày gia tăng trong việc cổ vũ cho dân chủ trong chính sách ngoại giao của Hoa Kỳ.[3]
  • Văn phòng đặc trách Dân chủ, Nhân quyền và Lao động (Bureau of Democracy, Human Rights, and Labor)
  • Văn phòng đặc trách Đại dương, Khoa học và môi trường vụ Quốc tế (Bureau of Oceans and International Environmental and Scientific Affairs)
  • Văn phòng đặc trách Dân số, Tỵ nạn và Di dân (Bureau of Population, Refugees, and Migration)
  • Văn phòng theo dõi và chống buôn người (Office to Monitor and Combat Trafficking in Persons)
• Cố vấn Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ: Bằng cấp với các thứ trưởng, cố vấn cho Bộ trưởng và Phó Bộ trưởng về những vấn đề chính trong chính sách đối ngoại. Hướng dẫn các văn phòng làm đúng theo chức trách của mình, thực hiện các buổi tư vấn và đối thoại quốc tế.
• Văn phòng Điều hợp Chống bệnh AIDS Quốc tế: đây là lực lượng đặc nhiệm của Tổng thống nhằm mục đích chống bệnh AIDS toàn cầu. Điều hợp viên của văn phòng báo cáo trực tiếp với Bộ trưởng Ngoại giao.

Từ khi tái tổ chức năm 1996, quản trị viên của Cơ quan Pháp triển Quốc tế Hoa Kỳ (United States Agency for International Development) cũng phải báo cáo trực tiếp cho Bộ trưởng Ngoại giao mặc dù người này lãnh đạo một văn phòng độc lập cũng giống như trường hợp của Đại sứ Hoa Kỳ tại Liên Hiệp Quốc.